بقدر ما كان الظهور الفكري لميليشيات الحوثي يحمل طابع الفرقة الأثنى العشرية ، بقدر ما أوجد هذا الفكر أثنى عشر صراعاً داخل السلالة الهاشمية . ولذا فإن الحوثية هي الطائفة التي تحتضن العديد من الطوائف ، ومثلما يؤدي وجودها لأثارة صراع طائفي في المكان الذي تريد السيطرة عليه ، سيؤدي ذاك لوجود صراع طائفي داخلها ميليشيات الحوثي التي يقودها التيار الخميني التابع فكرياً لخميني إيران ، تضم عدة تيارات فكرية وجميعها تتصارع مع التيار الخميني وتتصارع مع بعضها ، وتلك التيارات لم تتفق فكرياً إلا في أن كلها يختلف مع الكل. وهو ما يعني من الصعب ايجاد توحد فكري لبعضها وصعب ان ينتهي الخلاف والصراع إلا بقضاء الكل على الكل. ممكن ان نتطرق بسرعة لذكر بعض التيارات الفكرية وليس الكل ، بدون تفاصيل لنوعية الخلاف الفكري الدائر بين كل تيار وبقية التيارات كون ذلك يحتاج لكلام كثير وشرح لن يتم إلا بكتابة عدة مجلدات وعدة كتب . أبرز التيارات الفكرية التيار الخميني والذي يقوده عبدالملك الحوثي واصبح الآن يمارس صراعات فكربة مع التيارات الاخرى . التيار الآخر هو التيار الزيدي الذي يحتضن الفكر المذهبي لزيد بن علي صاحب المذهب. تيار آخر هو تيار ذو طابع صوفي والذي ينظر للهاشمية كفكر ونهج صوفي أسسه احد احفاد الحسن بن علي بن أبي طالب. تيار يسمى بالعقيلين وهذا يضم أسر هاشمية أكثرها تنتمي لمحافظة الحديدة ولديهم فكر ذو معتقد مختلف أسسه أحد احفاد عقيل بن أبي طالب وتم تسميتهم بالعقيليين نسبة لعقيل ونظراً لأن هذا التيار يضم ذرية عقيل. تيار يسمى الهادوية وهذا يحمل فكر الهادي الرسي الذي أسسه قديماً في صعدة. هناك تمييز يتم على أساس طائفي فكري داخل الميليشيات الحوثية ، إذ ان المراكز والمناصب القيادية العلياء محصورة للتيار الخميني ومغلقة أم التيارات الاخرى ، وهذا ما ولد صراعاً داخلياً إدارياً. بالاضافة إلى ان هناك صراع فكري تولد من المعتقدات المتعددة ، وهو ما جعل التيار الخميني يتجه نحو التخلص من بقية التيارات بأعتبارها تشكل خطورة عليه فكرياً داخل منظومة السلالة وادارياً داخل منظومة الحكم.
